进化树的着色
用MEGA完成进化树的构建后，可以将结果保存为nwk格式（File — Export Current Tree(Newick)），保存original树（推荐）时，既输出枝长，又输出bootstrap值，而bootstrap consensus tree则只能输出bootstrap值。
获得nwk格式的进化树后，需要对其进行展示，以便从直观上判断材料间的聚类关系，界面版的MEGA自带简单的展示功能，可以对进化树进行展示，但其功能较为简单，无法满足着色、添加额外信息等较为个性化的要求。从功能的丰富度来说，iTOL(https://itol.embl.de/)、EvolView(http://www.evolgenius.info/evolview/)、ggtree(https://github.com/GuangchuangYu/ggtree)应当是功能较为齐全的软件，其中，ggtree是R软件包，可以在本地操作，但需要编写代码，使用起来并不十分方便。三款软件中，从操作的简易度，效果的美观程度来看，iTOL都是最佳的选择，下面将以iTOL为例子，说明对进化树结果的展示方法。
1、打开iTOL主页以后，选择上端的Upload选项，出现输入界面后，可以在Tree text框中粘贴nwk中的内容，也可以通过【选择文件】选项选择需要展示的进化树，之后点击Upload即可。
图7 iTOL上传文件
2、进化树着色，按照iTOL的要求，填写一个颜色配置文件，填写方法如该链接的说明https://itol.embl.de/help/colors_styles_template.txt，给末端分枝着色的配置文件填写如下图，[2,branch,#984EA3,normal,1]中2为样本ID，branch表示给树枝上色，#984EA3为16进制颜色代码，normal表示线条的样式为正常的实线，1表示枝条的大小为1，该文件必须以.txt结尾，填写完成后，将其拖入进化树的界面即可。
图8 分枝着色配置文件
3、系统进化树的调整，导入进化树后，右上角会出现一个control面板，该面板包含【Basic】、【Advanced】、【Datasets】、【Export】三个标签项。常进行进化树展示的朋友对【Basic】、【Advanced】和【Export】三个标签项的内容和操作应当熟练掌握。
4、分枝颜色的统一。上面的着色例子只对末端分枝进行了着色，有时候，我们需要对某个分枝的样本进行颜色的统一，可以选中该分枝并点击鼠标，在弹出的下拉框中选择color — set clade color — 选择想用的颜色或填入对应的颜色代码即可。
图9 分枝统一着色
5、树根的指定。选择需要指定为根的枝点，在弹出的下拉框中选择Tree structure — Reroot the tree here即可。
图10 指定树根
6、编辑确定后，点击右上边的Save all changes即保存了当前的编辑，编辑完成并保存后，选择export选项卡，选择输出文件的格式，一般选择svg/pdf等矢量图格式，Export area务必选择Full image。
图11 保存编辑与输出
当需要输出带枝长的进化树时，应当将树图拖动到与标尺靠近的位置，避免输出的图像中树图与标尺距离过大。
图12 拖动进化树使其靠近Tree Scale
至此，基于SNP构建并编辑进化树的工作就算基本完成了，如果还想要各种比较炫的效果，可以参照iTOL的帮助文档进行操作，包你能够获得一棵华丽丽的进化树。